【摘 要】
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提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法.对包含16类亚家族的2 640条
【机 构】
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中国科学技术大学电子科学与技术系,安徽合肥,230026
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提出一种使用PSI-BLAST得到的位置特异性打分矩阵中蕴含的进化信息作为酶蛋白的特征表示,结合支持向量机方法对酶蛋白的亚家族类别进行预测的方法.对包含16类亚家族的2 640条氧化还原酶数据集进行jacknife测试,总的预测精度达到92.12%,高于目前的任何其他预测方法.实验结果表明,进化信息是酶蛋白序列的有效表示,将其与支持向量机结合能够实现对酶蛋白亚家族的高精度预测.
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