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命门以内脏而论，始于《难经》，并以此为开端，建立了命门学说。在命门有形与无形之辩中，《难经》以命门“有形”而定论，明确提出“左肾右命门”的观点，提出了“内脏命门”说，并确立其先天之根的地位。同时，《难经》首创元气（原气）理论，且建立了元气与原穴的关系，首次提出“元气”一词，并指出命门激发元气，经过三焦通达周身，是脏腑经络功能活动之本，将“命门”与“元气”作为人体的中轴，延伸到生命活动的诸多方面。命门始动，元气始生，生命乃成；先天命气，脏腑之本，经络之根；命气中轴，呼吸之门，守邪之神。命气轴心，纵贯五脏六腑，旁及四肢百骸，为先天之源，生命之根。《难经》在《灵》《素》基础上，从物质维度、功能维度和协调维度，建立了命气神三维一体的系统生命观。