【摘 要】
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跨物种的生物序列比较已经被广泛应用丁基因功能预测，而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似．为了精确确定基因功能，不仅需要考虑序列性质，还需探索基因表达信
【机 构】
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中国科学院计算机网络信息中心超级计算,中国科学院研究生院
【基金项目】
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本课题得到国家自然科学基金（60533020,60673064）和国家科学技术部“天文、生物信息和计算化学网格计算应用系统建设”项目基金（2005DKA64002）资助.致谢我们向提供实验数据的Eisen博士和他们的团队表示感谢（http：//rana.lbl.gov/index.htm）,感谢荷兰籍访问学者Ewout van den Berg在算法和编程方面的讨论与贡献!
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跨物种的生物序列比较已经被广泛应用丁基因功能预测，而越来越多的实验表明序列相似性并不足以保证基因功能相似．为了精确确定基因功能，不仅需要考虑序列性质，还需探索基因表达信息的特性，因为基因表达的改变往往伴随着基因功能的改变．通过聚类分析基因表达谱，可以卣观判断协同表达基因及其规律，这是考察基闪功能的重要一步．由于生物组织基因表达的复杂性，以及识别表达的microarray技术和理念的不断更新，表达数据的规模也呈指数规律递增，聚类分析遭遇了巨大瓶颈——过高的时空复杂度．根据“基因表达谱”的数据特征，对处理表达
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