为了建立一套适用于沙棘蛋白质的双向电泳-质谱体系,本研究采用TCA-丙酮法提取沙棘果肉和种子蛋白,选用24 cm、pH=4～7的IPG预制干胶条进行等电聚焦,聚焦后进行12％ SDS-PAGE二向分离和考马斯亮蓝染色,并应用PDQuest软件对图谱进行分析.结果 表明:(1)沙棘果肉有800～1 000个蛋白点,峰密度在240密度单位以上的蛋白点有305个,其中相对表达量较高的蛋白有32个,果肉的酸性蛋白较碱性蛋白数量多;(2)沙棘种子有700～900个蛋白点,峰密度在40密度单位以上的蛋白点有314个,其中相对表达量较高的蛋白有17个;(3)随机选取6个蛋白点做质谱分析,在数据库中成功鉴定到6个同源蛋白.本研究首次建立了一套较完整的沙棘果肉与种子蛋白双向电泳-质谱体系,可为应用蛋白组学方法研究沙棘油脂合成积累的分子机制提供科学依据.