ABEEMσπ-GB/SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

来源 :辽宁师范大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:SFAFFDAF
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使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场,在298 K ,NVT 系综下对5种构象的A la四肽水溶液进行了动力学模拟。计算了动力学平衡态下A la四肽中非氢原子的均方根偏差。结合广义玻恩模型(GB)计算了溶剂化自由能的极性部分,使用SA 方法计算了溶剂化自由能的非极性部分。溶剂化自由能的结果表明,A la四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在。使用类似方法分别对Gly ,Leu ,Val ,Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究,计算了这5种四肽的溶剂化自由能。结果表明,A sp和A
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