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测定了2个短尾猴和1个红面猴个体的线粒体细胞色素b基因全序列，与猕猴、食蟹猴和叟猴的序列合并比较，分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点，并以阿拉伯狒狒为外群，构建系统发生树。结果表明，短尾猴基因序列中A、T、G、C的含量分别为29．0％、25．5％、11．8％、33．6％，红面猴中A、T、G、C的含量分别为29．4％、24．3％、11．4％、34．9％，碱基组成具有哺乳动物的共同特点，短尾猴与红面猴序列间的同源性为90．1％。红面猴与食蟹猴之间的同义替换和异义替换值（Ks、Ka）以及Kimura双参数距离都