为揭示2011~2013年福建省手足口病相关病原其它肠道病毒中优势血清型柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)的分子流行病学特征,我们收集2011~2013年福建省确诊为其它肠道病毒个人的1340例手足口病的病例标本,进行病毒培养和鉴定分型,对其中优势血清型CVA6进行完整VP1区基因片段的扩增测序和分析。共分型鉴定出其它肠道病毒病例375例,其中CVA6病例182例(占48.5%)。CVA6病例在2011~2013年福建省手足口病病原谱的年度构成比分别为7.9%、16.2%和39.6%。与手足口病总体疫情相比,CVA6病例在地区、性别、年龄组分布没有特异性,致重症率较低。VP1区基因序列分析显示,CVA6福建分离株与原型株的核苷酸序列差异较大(16.2%~18.6%),氨基酸序列差异为4.3%~6.2%。进化分析显示,CVA6福建分离株与原型株及国外地区分离株的亲缘关系远,与国内地区分离株的亲缘关系近。CVA6福建分离株在进化树的分布呈多个分支。结果表明,2011~2013年福建省手足口病病原谱发生较大变化,CVA6成为手足口病主要的病原之一。CVA6福建分离株与国内地区相应分离株共进化共循环,在福建至各个地区呈多条亲缘关系接近传播链同时流行。