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Part-Whole关系的语义差别往往决定了本体是否可以合并或重用。Wiston分类法被用来对医学本体中的Part-Whole关系进行了分类，使每类Part-Whole子关系具有特定的语义并有传递性。利用Mereology理论分析了子关系的性质和子关系之间的相似性，以及子关系之间相似性和逻辑推理正确性的关系。为Part-Whole关系的研究提供了新的方法学。