【摘 要】
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目的 应用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测以少量细胞(1～10个)为模板的多重置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)产物的保真度.方法 结合10K 2.0 SNP芯片平台与MDA,以纤维母细胞系GM02732(47,XY,+18)作为模板,共分6组进行实验,其中A组与B组分别为阳性对
【机 构】
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目的 应用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测以少量细胞(1～10个)为模板的多重置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)产物的保真度.方法 结合10K 2.0 SNP芯片平台与MDA,以纤维母细胞系GM02732(47,XY,+18)作为模板,共分6组进行实验,其中A组与B组分别为阳性对照组(细胞gDNA)与阴性对照组(无模板MDA);C～F组为实验组,分别以1、2、5和10个细胞为模板进行MDA扩增,产物与芯片杂交,检测并比较各组产物的基因组覆盖率、等位基因杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)率以及等位基因脱扣(allele dropout,ADO)率.结果 阴性对照组的MDA产物与gDNA序列有3.2%的重叠.随着起始模板从单细胞提升至10细胞,MDA产物的基因组覆盖率从86.4%逐步上升至96.4%,平均LOH率和ADO率则逐渐下降,各组之间比较差异均有统计学意义(P<0.05).结论 多重置换扩增技术是一种高效而可靠的全基因组扩增方法 ,随着模板细胞的增加,MDA产物的保真度可获得明显的改善.10K 2.0 SNP芯片可快速准确地在全基因组水平对DNA扩增产物进行保真度分析,但应注意区分LOH中的ADO和等位基因优势扩增,以避免产生误差。
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