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微生物与根尖周组织炎症的发生有着密切关系．从感染根管内分离出来的微生物有细菌、真菌和螺旋体。20世纪70年代以前的研究证实根管内的细菌是需氧菌和兼性厌氧菌．之后随着厌氧技术的发展．证实根管内的优势菌为厌氧菌．近年来又发现了一些新的细菌。由于细菌导致了根尖周的病变．因此从感染根管内减少或去除这些微生物是根管治疗成功的关键。