经济社会双重转型背景下,城市群已成为带动区域经济增长的主要地域单元,其形成与发展以城市扩张为基础,需不断占用农地资源。当前主要问题为农地城市流转过度,粮食安全受到威胁、生态环境遭到不可逆转的破坏。基于此,本文以中国16大城市群为研究对象,考虑环境污染,应用基于方向性距离函数的Malmquist-Luenberger指数,利用1999年至2013共15年的面板数据,借助数据包络分析法(DEA),对农地城市流转全要素生产率(TFP)进行测算和分析。结果显示:(1)研究农地城市流转TFP时考虑非期望产出即环境污染是合理且必要的。(2)1999年至2013年,农地城市流转参与社会经济生产的过程中,减少污染与环境副作用的技术发展与推广还存在障碍,提高生产要素投入质量的能力有限。(3)对16大城市群而言,农地城市流转TFP在研究期内均下降,西部城市群下降幅度最大,中部和东部次之,东北较小。(4)珠三角、长三角和武汉城市群在农地城市流转参与社会经济生产过程中对先进技术的运用较为合理和充分,作为"环境技术领先者"次数较多。针对研究结论,为我国城市群有效进行农地城市流转提出几点建议:第一,合理控制农地城市流转规模与城市增长边界,优化农地城市流转TFP,并提升城市群经济发展质量。第二,充分考虑农地城市流转TFP及其构成要素的区域差异,根据各城市群发展特征、资源禀赋状况以及区域功能定位差异等特点,实施土地利用差别化管理。第三,更多地使用可再生的资源和环保能源,并对土地资源加以合理配置和高效利用,走绿色环保城市群发展道路。