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肠道微生物群是定居在宿主消化道内的肠道微生物的总称。研究表明，许多疾病都与肠道菌群的改变密切相关。在复杂生态系统中使用高通量测序技术，即16S rRNA测序及元基因组测序，极大地丰富了肠道微生物组数据库，也鉴定出了很多细菌新种，促进了肠道微生物组与健康和疾病关系的研究。但测序技术也存在明显的不足，如DNA提取差异、引物偏差、测序深度偏差及分析偏性等。而早期被忽略的培养组学研究，由于方法的改进，能培养出更多的肠道细菌，发现了很多测序中无法鉴定到的新物种。这对促进肠道微生物群株水平的研究具有重要的意义。本文主要讨论目前常用的肠道菌群研究的方法及其应用。