玉米成蛋白家族的鉴定与生物信息学分析

来源 :基因组学与应用生物学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:CBHHOLY
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成蛋白(formins)在细胞骨架的调控中起着关键作用,并通过该过程参与细胞的动态调控。研究成蛋白对进一步了解真核细胞的生长和形态变化具有重要意义。但玉米(Zea mays)作为一种重要的农作物,其成蛋白家族并未被系统性鉴定以及分析。因此,本文通过对两种模式植物水稻(Oryza sativa)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)的成蛋白进行同源性分析,鉴定出玉米中22个成蛋白家族成员,其氨基酸数目为300~1 699 aa,蛋白分子量为36 376.32~184 309.82 kDa,等电点为6.88~9.76。基于它们的结构域组成,这些成员可以分为16个植物Ⅰ类成蛋白,6个植物Ⅱ类成蛋白。亚细胞定位和蛋白互作网络分析结果表明,玉米成蛋白主要定位在细胞质膜上,且主要与抑制蛋白(profilin)以及ROP(rho-related GTPases from plants)蛋白互作。GO功能富集网络分析表明,玉米成蛋白主要参与细胞骨架的组成以及介导肌动蛋白聚合过程。顺式作用元件分析结果表明,玉米成蛋白基因受生长素、赤霉素等激素以及光照、昼夜节律、温度等环境因子的调控,并且都存在厌氧诱导相关顺式调节元件。基因表达模式分析表明,玉米成蛋白基因在玉米根部的表达水平更高,暗示成蛋白基因可能在玉米根部起着关键作用。共线性分析表明,水稻和玉米具有较高的共线性,说明两种植物基因组进化的相似性。综上所述,该研究为未来对玉米成蛋白的研究提供了启示,并为进一步研究成蛋白在玉米中的功能提供了方向。
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