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在全新的经济形势下，事业单位与科技体制改革正同步进行着，不管是国家的宏观战略上还是社会各界对科研项目经费的有效使用关注度越来越高，对各类科研项目的经费审计检查也愈加频繁。而这样的发展背景给会计档案管理工作提出了更高的要求，本文以农业科研单位的项目财务管理为例，对现存于农业科技项目财会管理中的问题进行探讨，并提出一些改善意见。