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手足口病最早由新西兰学者Seddon于1957年报道，1958年加拿大学者Robinson等在手足口病患者的咽拭子及粪便中分离出CA16病毒，CA16病毒第一次被认为是手足口病的病原。1959年英国学者Atsop从患者疱疹液中又分离出CA16病毒，CA16病毒是引起手足口病的病原体进一步被证实，手足口病因患者的临床特点被命名。1969年肠道病毒71在美国1名脑炎患者的脑脊液、粪便中被分离出，1992年EV71型血清型被确定。