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为了提高国家财力推动自主科技创新的效果，政府财政科技投入特别是地方财政科技投入必须合理确定投入对象及在不同对象间的投入比重。当前的政策改革调整要处理好内资与外资的关系，突出支持自主知识产权创新：处理好财政科技支持的区域关系，弱化对高新技术产业开发区的资助；处理好企业和高校及科研院所之间的关系，提高产学研合作水平；处理好不同类型创新单位的关系，重视公有企业科技创新。