《档案法》及《档案法实施办法》对档案流动进行了严格限制。《档案法》第十六条规定：“档案所有者可以向国家档案馆寄存或者出卖，向国家档案馆以外的单位或者个人出卖的，应当按照有关规定由县级以上人民政府档案行政管理部门批准。严禁倒卖牟利。严禁卖给或者赠送给外国人。”第十七条规定：“禁止出卖属于国家所有的档案。国有企业事业单位资产转让时，转让有关档案的具体办法由国家档案行政管理部门制定。档案复制件的交换、转让和出卖，按照国家规定办理。”第十八条规定：“属于国家所有的档案和本法第十六条规定的档案以及这些档案的复制件，禁止私自携运出境。”《档案法实施办法》第十八条规定：“属于国家所有的档案，任何组织和个人都不得出卖。国有企业事业单位因资产转让需要转让有关档案的，按照国家有关规定办理。各级各类档案馆以及机关、团体、企业事业单位和其他组织为了收集、交换中国散失在国外的档案，进行国际文化交流，以及适应经济建设，科学研究和科技成果推广等的需要，经国家档案局或者省、自治区、直辖市人民政府档案行政管理部门依据职权审查批准，可以向国内、外的单位或者个人赠送、交换、出卖档案的复制件。”这种限制使人们产生了很多困惑。
　　困惑一：《档案法》及《档案法实施办法》对档案规定监管措施的目的应是保证档案的安全，但档案的流动与档案的安全之间没有必然的联系，不流动的档案未必安全，流动特别是从保管条件较差的地方向保管条件较好的地方流动也不一定不安全。这就使人不得不产生疑问，为档案安全的目的而设置这么多限制甚至禁止档案流动的措施有必要吗?
　　困惑二：具有知识产权性质和国有档案和非国有档案是知识产权的载体。知识产权的转让、出卖，很多时候是以转让知识产权的档案来完成的。可以说知识产权转让与档案的转让密不可分。按照知识产权法的规定，知识产权不管是国有知识产权，还是非国有知识产权，都是可以依所有者的意志，自由转让、出卖的。那么对体现知识产权转让的档案转让为什么要给予限制呢?这种对知识产权档案转让的限制是不是对知识产权转让的限制呢?用限制档案流动的方式来限制知识产权的转让是否与国家鼓励知识产权转让的要求相违呢?
　　困惑三：按照知识产权的规定，不管是国有单位与国有单位之间。还是国有单位与非国有单位之间，都可以采取由甲方支付研究资金，由乙方进行研制，研究成果的知识产权既可由甲方享有，也可由甲、乙双方共同享有。如果研究成果的知识产权由甲方享有时，乙方向甲方转让记载知识产权内容的档案或其复制件时，还要经过档案行政管理部门批准吗?
　　困惑四：按照《档案法》的规定，不管是国有档案还是非国有档案在出卖转让时都要经过档案行政管理部门批准，但却仅仅对非国有档案规定有“严禁倒卖牟利”。对国有档案却无此规定，这与目前国有财产与私有财产一视同仁，依法予以同等保护的社会诉求是否相违?对非国有档案所有者来说。是不是一种歧视呢?
　　困惑五：当国有单位与非国有单位联合购买一项专利或知识产权后，如果依购买合同约定可以再转让、再出卖时。由于这项专利或知识产权既有一部分国有性质，也有一部分非国有性质，在对非国有档案规定有“严禁倒卖牟利”，国有档案无此规定的情况下，如果他们共同出卖知识产权档案，档案行政管理部门是否允许其出卖牟利呢?
　　困惑六：《档案法》为了限制非国有档案的流动，规定了多种限制措施。且不准倒卖牟利，这就使人不得不产生困惑，对具有文物性质的非国有档案的拥有者来说，由于其保存条件有高、有低，保存时间有长、有短。保存期间档案价格币值也会不断变化。对档案所有者的成本核定将会非常困难，是否牟利很难确定。在这种情况下。档案行政管理部门对非国有档案的出卖，如何判定是否牟利?怎知其是否倒卖?
　　困惑七：如果非国有档案所有者对其所购专利进行了一定改进和完善，当非国有档案所有者要求出卖其改进或完善后的知识产权时，由于档案行政管理部门既不了解改进研究的过程，也不清楚其改进研究的成本，更不清楚改进部分在所出卖的技术构成中所占的比重，在这种情况下如何执行“严禁倒卖牟利”的规定?是否要请专利方面的专家仔细区分哪些是“倒卖”的技术，哪些是改进的“原始”的技术。然后核定多少比例是“倒卖”，多少比例不是倒卖呢?
　　困惑八：对具有知识产权性质的非国有档案来说，按照知识产权法的规定，在进行转让或出卖时。可以采取分期付款的方式按使用成果后取得收入的一定比例来逐年支付出卖或者转让价格，转让价款的总数并不是固定的，每年支付的价格也随收入的多少不断变化，在这种情况下，即使是用“倒卖”方式取得的知识产权，档案行政管理部门如何判定是否牟利?
　　困惑九：具有知识产权性质的非国有档案，如果在“倒卖”过程中，技术成果的变让方违约，按照知识产权法的规定，即使转让方没有转让技术，违约方也应支付违约金。对这种没有转让技术，即“倒卖”没有成功，而违约方付的违约金算不算“牟利”?