【摘 要】
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目的 利用生物信息学的方法分析肿瘤缺氧微环境对多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)转录组的影响,筛选差异基因,为探索细胞耐受缺氧环境的分子机制提供信息.方法 从GEO数据
【机 构】
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浙江省立同德医院药剂科,杭州310012;浙江省立同德医院血液科,杭州310012;浙江省立同德医院中西医结合肿瘤研究所,杭州310012;浙江大学医学院附属第一医院肿瘤内科,杭州310003
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目的 利用生物信息学的方法分析肿瘤缺氧微环境对多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)转录组的影响,筛选差异基因,为探索细胞耐受缺氧环境的分子机制提供信息.方法 从GEO数据库获得缺氧培养下的MM细胞株以及患者骨髓来源CD38阳性细胞的表达谱芯片,利用Limma包分析缺氧环境下一致性较好的差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,并用TCGA数据库研究其表达水平与MM患者生存的关系.最后利用差异基因预测抑制缺氧微环境的潜在药物.结果 针对2种数据集共筛选得到28个一致性较好的差异基因,这些基因主要参与细胞代谢途径、线粒体结构、自噬等,这可能与MM的缺氧耐受有关.生存分析显示:ANXA1、CLU、DPYSL3、CEP128、DDIT4、HMGCS1基因的高表达导致MM患者预后变差.CMAP分析提示PARP抑制剂可抑制缺氧相关信号通路.结论 本研究利用生物信息学手段筛选得到了缺氧影响MM的差异基因,发现其中部分基因的高表达可导致MM患者预后变差,这可能与缺氧环境导致肿瘤细胞生存增强有关.PARP抑制剂可能成为缺氧抑制剂,与其他化疗药物联合使用实现更好的治疗效果.
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