【摘 要】
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目的:基于GEO数据库挖掘脑缺血再灌注损伤(Cerebral ischemia-reperfusion inju-ry,CIRI)中的关键靶点,并通过分子对接探讨瓜子金皂苷己(Polygalasaponin F,PGSF)抗CIRI的作用机制.方法:选择GEO数据库中CIRI芯片,应用R语言分析芯片的矩阵文件,筛选表达差异靶点,对结果进行可视化处理;将差异显著的靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析,构建网络并根据拓扑参数筛选关键靶点.采用AutoDock Tools软件对PGSF与上述关键靶点进行分子对接,计算
【机 构】
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包头医学院生理学教研室,内蒙古 包头014040;内蒙古科技大学包头医学院第二附属医院;包头医学院乌兰察布临床医学院;内蒙古科技大学包头医学院图书馆;包头医学院生理学教研室,内蒙古 包头014040;
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目的:基于GEO数据库挖掘脑缺血再灌注损伤(Cerebral ischemia-reperfusion inju-ry,CIRI)中的关键靶点,并通过分子对接探讨瓜子金皂苷己(Polygalasaponin F,PGSF)抗CIRI的作用机制.方法:选择GEO数据库中CIRI芯片,应用R语言分析芯片的矩阵文件,筛选表达差异靶点,对结果进行可视化处理;将差异显著的靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析,构建网络并根据拓扑参数筛选关键靶点.采用AutoDock Tools软件对PGSF与上述关键靶点进行分子对接,计算结合能.结果:通过GEO数据库筛选出CIRI差异表达靶点137个,在蛋白-蛋白相互作用网络中筛选得到关键靶点为:白细胞介素6(Interleukin-6,IL-6)、基质金属蛋白酶9(Ma-trix Metallopeptidase 9,MMP9)、CC型趋化因子配体2(C-C motif chemokine 2,CCL2)、细胞间黏附分子1(Intercellular adhesion molecule,ICAM1)和前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2),PGSF与关键靶点对接得分为:-8.8、-7.3、-8.9、-7.9、-9.4 Kj/mol,说明PGSF可能与关键靶点结合,且具有较强的亲和力.结论:PGSF抗CIRI的作用机制可能与调控IL-6、MMP9、CCL2、ICAM1和PTGS2发挥抗炎、抑制血脑屏障破坏和减轻脑水肿有关.
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