【摘 要】
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目的 了解临床分离的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)生物被膜态和游离态的转录组差异,探究生物被膜形成的机制.方法 从住院病人痰液或血液样本分离CRAB 4、55、78及117菌株,挑取单菌落分别培养生物被膜态菌(A组)和游离态菌(B组),采用Trizol法提取2组细菌核糖核酸(RNA)样本进行转录组测序;使用DESeq软件进行差异表达基因(DEGs)分析,通过GOSeq R软件进行基因本体(GO)富集分析,通过KO-BAS软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;选择8个DEGs,利用
【机 构】
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贵州医科大学 基础医学院 人体寄生虫学教研室,贵州 贵阳 550025;贵州医科大学 基础医学院 现代病原生物学特色重点实验室,贵州 贵阳 550025;贵州医科大学 基础医学院 现代病原生物学特色重
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目的 了解临床分离的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)生物被膜态和游离态的转录组差异,探究生物被膜形成的机制.方法 从住院病人痰液或血液样本分离CRAB 4、55、78及117菌株,挑取单菌落分别培养生物被膜态菌(A组)和游离态菌(B组),采用Trizol法提取2组细菌核糖核酸(RNA)样本进行转录组测序;使用DESeq软件进行差异表达基因(DEGs)分析,通过GOSeq R软件进行基因本体(GO)富集分析,通过KO-BAS软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;选择8个DEGs,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证转录组测序分析结果.结果 RNA样品完整无污染满足测序要求,测序数据错误率不超过0.03％;A与B组相比鉴定到407个差异基因,其中212条基因为上调表达,195条基因为下调表达,涉及铁的摄取和转运、菌毛合成的调控、生化代谢酶类及转录调节因子等;GO分析显示,GO条目主要富集于分子功能类别和生物过程类别;KEGG分析显示,DEGs富集到硫代谢、ATP结合盒(ABC)转运系统、万古霉素耐药、群体感应及阳离子抗菌肽耐药等多条通路;选取的8个差异基因通过qRT-PCR进行验证,结果与转录组结果趋势一致.结论 临床分离的CRAB菌株,其生物被膜态和游离态存在基因表达差异,生物被膜的形成涉及多基因和多信号通路参与.
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