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莲花山自然保护区位于黄土高原向青藏高原过程渡的地带，植物种类丰富，据初步统计，有种子植物９２科，３７９属，９１０种，通过植物区系资料分析，得出以下结论：种类组成比较丰富，地理成分复杂，联系广泛，以温带成分占绝对优势，是典型的北温带性质；该地区是多种植物区系成分的交汇地和区系结，特别是中国－日本及中国－喜马拉雅区系成分的交汇地带和分界线；植物区系隶属于泛北极植物区，中国－喜马拉雅森林植物亚区，横断山