在经济全球化的大背景下,科技创新是提高社会生产力和综合国力的战略支撑,必须摆在国家发展全局的核心位置。制造业是国民经济命脉,目前,我国的制造业研发投入逐年增加,但与部分发达国家相比,我国研发强度低,研发投入仍然不足,为提高制造业研发投入,政府有必要通过各种政策加以干预,激励企业研发投入。政府为制造业研发投入提供各种资助,这些资助是否有效地促进了企业的研发活动,提升整体的研发水平,政府资助效果受到哪些因素的影响,同时在不同技术水平的企业中,是否存在效果上的差别,是本文主要研究的问题。本文将政府资助分为政府补贴与税收优惠两种方式,其中税收优惠细分为直接税收优惠与间接税收优惠,主要分析这三种政策工具对我国制造业研发投入的非线性影响。本文收集我国大中型制造业28个行业2009-2015年的面板数据,利用可行广义最小二乘法(FGLS)进行模型估计,实证分析政府资助对企业研发投入的影响及知识产权保护、企业规模、产权类型与行业技术水平在我国政府资助与企业研发活动关系中的调节作用。同时,本文将制造业划分为高技术产业与低技术产业进行实证分析,研究对于不同研发强度的制造业行业,政府应如何选择资助对象与方式,为提升政府资助效果提供政策建议。研究结果表明,政府直接补贴、间接税收优惠与制造业研发投入呈倒U型关系,直接税收优惠与制造业研发投入呈线性正相关。且知识产权保护程度越高,三种政府资助方式对R&D投入的激励效果越大;非国有企业政府直接补贴资助的激励效果更佳;技术水平高的企业,直接补贴资助、间接税收优惠的激励效应更大。分别对高技术行业、低技术行业进行实证分析,高技术行业中政府资助效果与整体制造业相似,而低技术行业的政府直接补助与研发投入呈现二次增长型关系。对于高技术行业,非国有企业的政府资助激励效果更好,而对于低技术行业,大规模企业、国有企业的政府直接补贴、直接税收优惠激励效果更好。本文根据结论给出建议:政府应增加对非国有企业的资助力度,同时对传统制造业行业等低技术行业,鼓励大规模企业、国有企业开展研发活动,更多地给予补贴与税收优惠。并在政府增加R&D资助规模的同时,逐渐提高税收优惠等间接资助方式的比重,减少政府失灵的可能性。在政策实施过程中,企业研发成果的保护是激励企业研发的重要因素,需要我国进一步完善知识产权制度。