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现代大学制度下高校内部运行机制的基本体系应包括：科学决策机制、权力平衡机制、综合协调机制、资源配置机制、竞争激励机制、监控评价机制。高校内部运行机制改革存在着诸多内在障碍，为此。高校要通过改变管理理念，建立有序的组织结构，实行分权管理，提高管理干部队伍素质等途径，去推进内部管理体系的调整和优化。