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目的：了解基因芯片在病毒原微生物检测中的应用效果。方法：对我院2011年11月至2013年11月收治的100例经病理切片诊断为感染性疾病患者进行抽样，选取100例患者随机分成2组进行对比观察，即实验组与对照组，每组50例，其中实验组予以基因芯片方法检测，对照组实施常规生物化学法检测，比较两组的应用效果。结果：在对100例患者进行检测后，效果很好，实验组检出率（98%）明显高于对照组检出率（42%），差距具有统计学意义(P＜0.05)。结论：基因芯片在病毒原微生物检测中灵敏度高，检出效率优越，值得临床推广与应用。