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教育研究对象的复杂性决定了自然科学方法在教育研究中既有价值，又需要注意其运用的限度。目前，在将自然科学方法具体运用于教育研究的过程中，还存在着用得乱、用得少、用得肤浅和用得盲目等问题。因此，做到合理规范地运用自然科学方法，使其在教育研究中发挥应有的作用，需要遵循适用范围明确、追求合理有效、明确主从秩序和综合系统运用等原则。