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文章采用对比分析的方法，基于云南省L公司的个案，从企业参与度、育种要素整合和配套机制三个方面比较分析农作物种业科企合作模式。结果表明，企业参与度从传统合作模式到创新合作模式下呈现上升的趋势，但企业的主体意识还有待提高；育种要素实现了零要素流动到全要素流动，然而企业自身仍缺乏育种资源；合作模式的配套管理机制不断完善，但企业内部和市场的配套机制还存在一定的问题。据此，应进一步强化企业的主体意识，主动增加研发投入，提升企业的研发能力；促进育种要素向企业流动，一方面促进育种要素主动向企业流动，另一方面加大对企业育