将128例风湿免疫系统疾病患者分为观察组与对照组,各64例。对照组给予泼尼松治疗,观察组在对照组治疗的基础上加用环磷酰胺,两组均持续4周的治疗。观察组的治疗总有效率为93.8%,对照组的治疗总有效率为84.4%,观察组比对照组明显要高,差异显著（P<0.05）。两组患者的不良反应比较,差异无统计学意义（P>0.05）。观察组与对照组治疗后的关节疼痛与关节肿胀指数都明显低于治疗前（P<0.05）,治疗后观察组的关节疼痛与关节肿胀指数也明显低于对照组（P<0.05）。观察组治疗后的类风湿因子（RF）值为（50.22±19.82） IU·mL^-1,明显低于对照组的（59.14±20.59） IU·mL^-1（P<0.05）,且都明显低于治疗前（P<0.05）。表明观察组治疗风湿免疫系统疾病能有效调节HPA轴状况,促进RF表达下降,缓解疼痛与肿胀症状,安全性好,治疗效果更好。