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自组织理论主要包括普利高津创立的耗散结构理论和H．哈肯的协同学。耗散结构方法论称为自组织的创造条件方法论。虚拟产业集群知识系统是开放、远离平衡态、非线性的，虚拟产业集群知识系统是自组织系统。协同论是虚拟产业集群知识系统自组织的动力学方法论，虚拟集群内部的竞争与协同是自组织系统演化的动力。“涨落放大”使系统由非稳定平衡态逐步演化到稳定平衡态。