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[目的]为全面了解新疆地方绵羊品种的遗传多样性和系统发育关系,为后期选种、保种和种质资源合理利用提供理论依据.[方法]对新疆13个地方绵羊品种线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因序列进行PCR扩增和测序分析.[结果]除和田羊外,其余12个品种遗传多样性均较丰富;中性检验显示和田羊经历过种群扩张;遗传距离和聚类分析显示和田羊与策勒黑羊遗传距离最近,与巴尔楚克羊遗传距离最远,其它品种与巴尔楚克羊的遗传距离均较远;单倍型网络图分析显示,13个地方品种分为3个分支;分子方差分析表明,群体内变异占91.33％,群体间变异占8.67％,品种间分化不明显.[结论]新疆13个地方绵羊品种有3个母系起源,其亲缘关系与育成史和地理分布基本一致,和田羊的遗传多样性较低,需要加强遗传资源保护.