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首都医科大学生理学与病理生理学系于2005年由原生理学和病理生理学教研室合并组建而成，学系主任为朱进霞教授。学系先后被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位和博士学位授予单位，2008年被评为国家级优秀教学团队，2008年获批为北京市重点学科。生理学课程于2009年被批准为国家级精品课程；学系2010年获批北京市呼吸病重点实验室，2012年获批北京市代谢紊乱相关心血管疾病重点实验室。