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杨虎城是国民党第十七路军（也称西北军，人数最多时达四万余人）的军事首领，他与张学良共同发动了西安事变。西安事变捉到蒋介石后，对于如何处置蒋介石，他与张学良都犯了愁。他认为，中国大大小小的军阀没有谁能斗过蒋介石的，只有共产党能和蒋介石抗衡。蒋介石剿共已近10年，不仅没把共产党消灭，反而使共产党的力量和影响越来越大。因此，他向张学良建议，请共产党来参与解决西安事变，他相信共产党是有办法的。
事实上，按一些国民党人的说法，杨虎城的思想早已被共产党“赤化”。早年，在杨虎城的部队中就有一大批共产党人，如著名共产党人南汉宸（解放后曾任中国人民银行行长）就曾当过他的省政府秘书长。当时，有人曾攻击杨虎城领导的陕西省政府说：“省政府里的人吃的是国民党的饭，干的是共产党的事。”可见，他与共产党人的关系非同一般。
反对内战，主张与红军联合抗日
杨虎城（1893-1949）是陕西蒲城人，出身贫寒，早年参加辛亥革命。1922年任于右任组建的陕西靖国军第三路司令，后结识了陕西共产党创始人魏野畴，接受中共救国主张。1924年1月，他到广州参加国民党一大，由孙中山介绍加入国民党。同年，参加冯玉祥发动的“北京政变”，任陕北国民军前敌总指挥，后升为国民军师长。
1926年，直系吴佩孚部刘镇华强行攻打西安，西安守城司令李虎臣和副司令杨虎城率部坚守8个月，刘镇华始终没能攻破城。这不仅保住了西安古城，还牵制了刘镇华的10余万兵力，为冯玉祥东征和革命军的北伐作了很好的策应。1928年7月，杨虎城在三原策应国民革命军北伐，进入西安，任国民党第二集团东路军前敌总指挥，正式参加北伐战争。
1927年，蒋介石发动“四一·二”政变后，下令各部队“清党”。但杨虎城不仅没有执行蒋的命令，反而还让南汉宸等一批共产党人来到他的军中，他开始与共产党人合作。1929年蒋冯战争时，杨虎城离开冯玉祥部依附蒋介石。1930年蒋冯阎大战时，他先被蒋介石任命为第7军军长，尔后又被任命为第17路军总指挥，率部攻击冯军。同年10月，他又被国民政府任命为陕西省政府主席（兼职），他随即任命共产党员南汉宸为省政府秘书长。在新军阀混战中杨虎城弃冯投蒋，站在蒋的一边，蒋很感激，所以战争结束后，蒋让他回关中掌握西北政权。
杨虎城在主政陕西期间，很重视发展教育和卫生等事业，他首先创建了西北农林专科学校（西北农学院、西北农林科技大学的前身），结束了西北没有正式高等学府的历史。尔后，他又自己出钱，在家乡孙镇、蒲城县创办了很多学校，其中尧山小学、尧山中学最为有名。同时他还创建了省人民医院。
1931年，“九·一八”事变后，杨虎城反对蒋介石打内战，反对围剿红军，积极主张抗日。这时，蒋介石为防止他的势力在西北扩张，就撤销了他的第58师番号，改为陕西警备师。同时，蒋介石还在潼关设全国陆海空军总司令行营，负责西北军务，任命顾祝同为行营主任，率两个师驻守潼关、华阴等地。后因石友三叛变，蒋不得不改令杨虎城任行营主任，后迁往西安，改为西安绥靖公署。杨借此机会扩张势力，控制甘肃，提出“回汉一家，陕甘一体”口号，但蒋始终警惕杨成为“西北王”。
1933年春，蒋介石免去了杨虎城陕西省政府主席的职务，由邵力子接任。同年10月，蒋另立甘绥公署，笼络青海马步芳、马鸿逵，阻止杨虎城西进，同时又令中央军进驻天水。1934年10月蒋又把杨部第17师49旅改编为新编第5师，开赴河南，划归刘峙节制。
1935年10月，蒋介石在西安设西北“剿匪”总部，派张学良为副总司令，代理总司令之职，在军事上节制杨虎城。
红军长征到达陕北后，蒋介石又命令杨虎城参加“剿共”，并让他的部队打头阵。1935年上半年，他率部两次“进剿”红25军，结果他的部队被打得大败，2个旅长被打死、1个旅长负伤。对于他的损失，蒋介石不仅不给予补充，反而还缩编他的人数。这让他非常气愤，从此，他与蒋介石的矛盾就加深了。
在这期间，中共积极做杨虎城的争取工作。1935年12月初，南汉宸受中共中央委托，在天津和杨虎城的代表申伯纯进行谈判。对于红军与西北军合作，南汉宸提出六条办法：
一、在联合抗日的原则下，双方停战合作；二、在现有的防区内，双方互不侵犯，必要时可预先通知，互为进退，或放空枪、打假仗；三、双方互派代表，互通情报；四、甲方在可能条件下，掩护乙方来往人员的交通进出；五、甲方协助乙方购买通讯器材、医药用品和其他物资；六、双方在适当地点建立秘密交通点，以加强联络和便利来往交通。
12月16日，申伯纯去西安将南汉宸亲笔写的上述六条交给杨虎城，杨签名同意，表示可考虑。这年年底，党中央又派熟悉十七路军情况的红26军政委汪锋带着毛泽东的亲笔信去西安见杨虎城。杨虎城见到毛泽东的信，热情地接待了汪锋，并与汪锋谈了许多情况。
1936年初，中共北方局又派曾在十七路军中工作过的王世英前往西安，继续做杨虎城的工作。不久，王世英与汪锋同回苏区瓦窑堡，向毛泽东、周恩来汇报了开辟十七路军统战工作情况，经中央研究决定，同意王世英与杨虎城初步商定的合作原则。
1936年8月，中共又派张文彬为红军代表去西安专做杨虎城和十七路军工作，商定了红军和十七路军抗日合作的口头协定：一、互不侵犯；二、取消经济封锁；三、建立军事联络。
几乎在同时，中共驻共产国际代表还派王炳南回国，到西安以共产国际代表的身份做杨虎城的工作。在此期间，我党代表还为杨虎城与张学良之间的关系做了大量协调工作，消除了张、杨之间的一些误解与隔阂。1936年4月，在我党的联络下，张学良与杨虎城在洛川秘密会谈，三方确定了不打内战、共同抗日、三方联合的方针，形成了东北军、西北军与红军“三位一体”的局面。
发动西安事变，逼蒋抗日
1936年12月4日，蒋介石带领他的一些文臣武将来到了西安，他此行的目的是督促张学良、杨虎城出兵进攻红军，但张、杨都不愿与红军交战。12月7日下午，张学良来到蒋介石的住处华清池，声泪俱下地劝说蒋介石停止内战、一致抗日。但却遭到蒋介石厉声训斥。接着，杨虎城又去劝说，也遭到蒋介石拒绝。12月11日，张学良又作最后一次劝告，仍被蒋介石拒绝。张、杨两人见劝蒋抗日不成，商议只好用武力囚蒋，逼他抗日。 事变前，张学良的东北军与杨虎城的十七路军进行了分工，杨虎城的部队负责解决西安城内的中央军，具体由西北军的赵寿山和警二旅旅长兼西安城防司令孔从周执行；张学良的部队负责去临潼捉蒋，具体由东北军的刘多荃师长指挥。并决定，两军同时在12月12日凌晨5时开始行动，8时以前解决战斗，10时恢复城内外正常秩序。
12月12日凌晨5时多，在刘多荃的指挥下，唐君尧和孙铭九等人率卫队营包围了华清池。经过一阵激烈的战斗，蒋介石的卫队被打垮。已睡下的蒋介石被枪声惊醒后，以为是红军打进来了，吓得浑身发抖，披着睡衣，拖着鞋就往外跑。当时前院枪声正紧，他急忙向后门跑去，门锁打不开，在侍卫帮扶下，爬上墙头。不料，心中一慌跌到墙外七、八尺深的乱石沟里。脊骨摔伤了，手脚划破了，鞋子也丢了一只。他跌跌撞撞爬上山，在一块大岩石旁的小洞里藏了起来。
院内的战斗全部停止后（大约是清晨6时），孙铭九等人便冲向蒋介石的卧室，不料，蒋已逃走。孙铭九摸了摸蒋的被窝，还有温热，估计蒋不会跑远。于是孙铭九就带人四处搜索，最后终于在宾馆后面山的小洞里找到了在寒冷中缩成一团的蒋介石。
与此同时，西北军在孔从周、宋文梅、王劲哉等人的带领下，分别包围了国民党嫡系部队在西安的驻军和中央大员的住处西京招待所。经一阵激战，国民党嫡系部队7000余人全部缴械。西京招待所的中央文武大员卫立煌、陈诚、蒋鼎文、钱大钧等全部被扣留。其中邵元冲在逃窜时，被流弹射伤，流血过多而死。最狼狈的是陈诚上将，躲在秽物箱里也被搜出。
蒋介石被捉住后，张学良与杨虎城立即通电全国，提出了抗日救国的八项主张。当天，他们就发电报给陕北的中共中央，邀请中共派代表团来西安，共商处理“西安事变”和抗日救国大计。很快，中共中央就派出了以周恩来为首的中共代表团来到西安。
对于如何处置蒋介石，杨虎城与张学良的态度不同，两人发动西安事变的目的虽然都是逼蒋抗日，但张学良认为，目的一旦达到就可放蒋。而杨虎城的反蒋抗日态度比较坚决，不主张轻易放蒋。他认为，中共与蒋介石有长达十年的血海深仇，一旦捉住蒋介石，虽不至立即杀蒋，但也决不会轻易主张放蒋的。不料，中共方面却提出了和平解决西安事变的设想。这使杨虎城在思想上一时难以接受。
有一次，杨虎城与周恩来谈话，顾虑重重地说：“共产党和国民党是敌对的，地位上是平等的，对蒋可战可和，而我是蒋的部下，如果轻易放蒋，蒋一旦翻脸，我的处境就与共产党有所不同了。到那时，我就处于非常危险的境地。你说，我应该怎么办？”
周恩来对此表示理解，并作了耐心反复的解释：现在国际国内形势和舆论都迫使蒋介石转向抗日，蒋只有抗日才有出路，促使他改变政策、实现抗日的可能性是存在的。只要西北三方团结一致，进而团结全国人民，形成强大的力量，蒋纵有报复之心，也不可能实现。在周恩来的劝导下，再加上“共产党置党派历史深仇于不顾，以民族利益为重，对蒋介石以德抱怨”，终使他对和平解决事变的重大意义有了认识，他表示“愿意倾听和尊重中共方面的意见”。
被囚禁十二年，终遭蒋杀害
西安事变和平解决后，杨虎城被迫辞职。不久，他出国考察，游历了美、英、法、德等国。每到一处，他都宣传抗日救国的道理。
“七·七”事变爆发后，他曾三次要求回国抗日，但都遭到蒋介石的拒绝。1937年9月28日，他终于收到宋子文让他“自动回国”的电报。他非常高兴，立即整理行装回国。
此时在南昌的蒋介石并没有忘记他在西安被扣的一幕，当他得知杨虎城要启程返国的消息后，就立即密令军统局长戴笠来南昌，让他做好逮捕杨虎城的准备。1937年11月，杨虎城由法国先回到香港，然后又到达武汉。当时，蒋介石在南昌诈称要召见他，他在戴笠的陪同下就从汉口乘专机去了南昌，不料，他一下飞机就被软禁起来。当时，杨虎城的夫人谢葆真及儿子、随员等已返回西安，但蒋介石仍不放过，随后又设法将他们骗往南昌，一同囚禁。
南京沦陷后，杨虎城夫妇及随员等人被军统特务转移到长沙。武汉撤退时，他全家又被解往贵州息烽监狱。这个监狱，是一个可容四五百人的集中营，专门用作囚禁中共党员、进步人士和违犯军统纪律的军统特务分子。 1939年夏，戴笠到了息烽。他见监狱离公路太近，怕出问题，便命令特务们另找地方。后来发现离息烽县城十多里的高山顶上的玄天洞，便决定将杨迁到那里去囚禁。杨在玄天洞被关了8年。1946年，军统特务又将他转移到重庆渣滓洞的中美合作所杨家山。
1945年，在重庆谈判时，毛泽东曾提议应释放张学良、杨虎城，但被蒋介石否决。1949年，蒋介石“引退”后，代总统李宗仁曾下令释放张学良、杨虎城，但因蒋的阻挠又没有办成。
在关押期间，杨虎城的夫人谢葆真由于受到很大刺激，便渐渐精神失常，整天叫骂不停，特务们后来都不敢见她，终日把她关在房内不让她出来。这样，她的身体就越来越坏。到了1947年，她带着满腔愤恨，离开了人世。
1949年9月，军统特务周养浩来到贵阳，对杨虎城（此时杨虎城已被转移到贵阳）说蒋介石要在重庆见他，要把他送往台湾，杨虎城信以为真。9月17日，杨虎城等人乘车重返重庆中美合作所。当晚11时许，杨虎城和二儿子杨拯中及秘书宋绮云等人到达重庆歌乐山半山坡上的戴公祠。特务张鹄引他们进入房内，杨虎城走在最前面，杨拯中双手捧着母亲的骨灰盒跟在后面。当杨拯中正要进入卧室时，特务杨进兴突然从杨拯中的身后下手，匕首刺进杨拯中的腰间，杨拯中惨叫一声，倒地身亡。杨虎城刚一回头，还未弄清楚是怎么回事，就被特务们用匕首刺入腹部，他挣扎反抗，力尽而死。
杨虎城的副官阎继明，警卫员张醒民，秘书宋绮云夫妇及孩子宋振中（小萝卜头）等人也一同被害。杨虎城年仅九岁的小女儿杨拯国也未能逃过这一劫难。一时血流满阶，惨不忍睹。杀完人，特务们又把杨虎城的尸体掩埋在花园的一座花坛里。
1949年11月30日重庆解放，解放军第二野战军领导当天就调查杨虎城的下落，第二天发现了他的遗体。12月16日，中共中央向杨虎城的家属发来唁电：“杨虎城将军在1936年与中国共产党合作，推动全国一致抗日，有功于国家民族。”“杨将军的英名，将为全国人民所永远纪念。”
1950年1月15日，重庆市政府举行隆重的追悼会，刘伯承、邓小平等党政负责人及民主党派、人民团体、文教界、新闻界代表共1000余人参加了追悼会。同年，将杨虎城迁葬于西安城南长安县韦曲镇的“杨虎城将军烈士陵园”。
事实上，按一些国民党人的说法，杨虎城的思想早已被共产党“赤化”。早年，在杨虎城的部队中就有一大批共产党人，如著名共产党人南汉宸（解放后曾任中国人民银行行长）就曾当过他的省政府秘书长。当时，有人曾攻击杨虎城领导的陕西省政府说：“省政府里的人吃的是国民党的饭，干的是共产党的事。”可见，他与共产党人的关系非同一般。
反对内战，主张与红军联合抗日
杨虎城（1893-1949）是陕西蒲城人，出身贫寒，早年参加辛亥革命。1922年任于右任组建的陕西靖国军第三路司令，后结识了陕西共产党创始人魏野畴，接受中共救国主张。1924年1月，他到广州参加国民党一大，由孙中山介绍加入国民党。同年，参加冯玉祥发动的“北京政变”，任陕北国民军前敌总指挥，后升为国民军师长。
1926年，直系吴佩孚部刘镇华强行攻打西安，西安守城司令李虎臣和副司令杨虎城率部坚守8个月，刘镇华始终没能攻破城。这不仅保住了西安古城，还牵制了刘镇华的10余万兵力，为冯玉祥东征和革命军的北伐作了很好的策应。1928年7月，杨虎城在三原策应国民革命军北伐，进入西安，任国民党第二集团东路军前敌总指挥，正式参加北伐战争。
1927年，蒋介石发动“四一·二”政变后，下令各部队“清党”。但杨虎城不仅没有执行蒋的命令，反而还让南汉宸等一批共产党人来到他的军中，他开始与共产党人合作。1929年蒋冯战争时，杨虎城离开冯玉祥部依附蒋介石。1930年蒋冯阎大战时，他先被蒋介石任命为第7军军长，尔后又被任命为第17路军总指挥，率部攻击冯军。同年10月，他又被国民政府任命为陕西省政府主席（兼职），他随即任命共产党员南汉宸为省政府秘书长。在新军阀混战中杨虎城弃冯投蒋，站在蒋的一边，蒋很感激，所以战争结束后，蒋让他回关中掌握西北政权。
杨虎城在主政陕西期间，很重视发展教育和卫生等事业，他首先创建了西北农林专科学校（西北农学院、西北农林科技大学的前身），结束了西北没有正式高等学府的历史。尔后，他又自己出钱，在家乡孙镇、蒲城县创办了很多学校，其中尧山小学、尧山中学最为有名。同时他还创建了省人民医院。
1931年，“九·一八”事变后，杨虎城反对蒋介石打内战，反对围剿红军，积极主张抗日。这时，蒋介石为防止他的势力在西北扩张，就撤销了他的第58师番号，改为陕西警备师。同时，蒋介石还在潼关设全国陆海空军总司令行营，负责西北军务，任命顾祝同为行营主任，率两个师驻守潼关、华阴等地。后因石友三叛变，蒋不得不改令杨虎城任行营主任，后迁往西安，改为西安绥靖公署。杨借此机会扩张势力，控制甘肃，提出“回汉一家，陕甘一体”口号，但蒋始终警惕杨成为“西北王”。
1933年春，蒋介石免去了杨虎城陕西省政府主席的职务，由邵力子接任。同年10月，蒋另立甘绥公署，笼络青海马步芳、马鸿逵，阻止杨虎城西进，同时又令中央军进驻天水。1934年10月蒋又把杨部第17师49旅改编为新编第5师，开赴河南，划归刘峙节制。
1935年10月，蒋介石在西安设西北“剿匪”总部，派张学良为副总司令，代理总司令之职，在军事上节制杨虎城。
红军长征到达陕北后，蒋介石又命令杨虎城参加“剿共”，并让他的部队打头阵。1935年上半年，他率部两次“进剿”红25军，结果他的部队被打得大败，2个旅长被打死、1个旅长负伤。对于他的损失，蒋介石不仅不给予补充，反而还缩编他的人数。这让他非常气愤，从此，他与蒋介石的矛盾就加深了。
在这期间，中共积极做杨虎城的争取工作。1935年12月初，南汉宸受中共中央委托，在天津和杨虎城的代表申伯纯进行谈判。对于红军与西北军合作，南汉宸提出六条办法：
一、在联合抗日的原则下，双方停战合作；二、在现有的防区内，双方互不侵犯，必要时可预先通知，互为进退，或放空枪、打假仗；三、双方互派代表，互通情报；四、甲方在可能条件下，掩护乙方来往人员的交通进出；五、甲方协助乙方购买通讯器材、医药用品和其他物资；六、双方在适当地点建立秘密交通点，以加强联络和便利来往交通。
12月16日，申伯纯去西安将南汉宸亲笔写的上述六条交给杨虎城，杨签名同意，表示可考虑。这年年底，党中央又派熟悉十七路军情况的红26军政委汪锋带着毛泽东的亲笔信去西安见杨虎城。杨虎城见到毛泽东的信，热情地接待了汪锋，并与汪锋谈了许多情况。
1936年初，中共北方局又派曾在十七路军中工作过的王世英前往西安，继续做杨虎城的工作。不久，王世英与汪锋同回苏区瓦窑堡，向毛泽东、周恩来汇报了开辟十七路军统战工作情况，经中央研究决定，同意王世英与杨虎城初步商定的合作原则。
1936年8月，中共又派张文彬为红军代表去西安专做杨虎城和十七路军工作，商定了红军和十七路军抗日合作的口头协定：一、互不侵犯；二、取消经济封锁；三、建立军事联络。
几乎在同时，中共驻共产国际代表还派王炳南回国，到西安以共产国际代表的身份做杨虎城的工作。在此期间，我党代表还为杨虎城与张学良之间的关系做了大量协调工作，消除了张、杨之间的一些误解与隔阂。1936年4月，在我党的联络下，张学良与杨虎城在洛川秘密会谈，三方确定了不打内战、共同抗日、三方联合的方针，形成了东北军、西北军与红军“三位一体”的局面。
发动西安事变，逼蒋抗日
1936年12月4日，蒋介石带领他的一些文臣武将来到了西安，他此行的目的是督促张学良、杨虎城出兵进攻红军，但张、杨都不愿与红军交战。12月7日下午，张学良来到蒋介石的住处华清池，声泪俱下地劝说蒋介石停止内战、一致抗日。但却遭到蒋介石厉声训斥。接着，杨虎城又去劝说，也遭到蒋介石拒绝。12月11日，张学良又作最后一次劝告，仍被蒋介石拒绝。张、杨两人见劝蒋抗日不成，商议只好用武力囚蒋，逼他抗日。 事变前，张学良的东北军与杨虎城的十七路军进行了分工，杨虎城的部队负责解决西安城内的中央军，具体由西北军的赵寿山和警二旅旅长兼西安城防司令孔从周执行；张学良的部队负责去临潼捉蒋，具体由东北军的刘多荃师长指挥。并决定，两军同时在12月12日凌晨5时开始行动，8时以前解决战斗，10时恢复城内外正常秩序。
12月12日凌晨5时多，在刘多荃的指挥下，唐君尧和孙铭九等人率卫队营包围了华清池。经过一阵激烈的战斗，蒋介石的卫队被打垮。已睡下的蒋介石被枪声惊醒后，以为是红军打进来了，吓得浑身发抖，披着睡衣，拖着鞋就往外跑。当时前院枪声正紧，他急忙向后门跑去，门锁打不开，在侍卫帮扶下，爬上墙头。不料，心中一慌跌到墙外七、八尺深的乱石沟里。脊骨摔伤了，手脚划破了，鞋子也丢了一只。他跌跌撞撞爬上山，在一块大岩石旁的小洞里藏了起来。
院内的战斗全部停止后（大约是清晨6时），孙铭九等人便冲向蒋介石的卧室，不料，蒋已逃走。孙铭九摸了摸蒋的被窝，还有温热，估计蒋不会跑远。于是孙铭九就带人四处搜索，最后终于在宾馆后面山的小洞里找到了在寒冷中缩成一团的蒋介石。
与此同时，西北军在孔从周、宋文梅、王劲哉等人的带领下，分别包围了国民党嫡系部队在西安的驻军和中央大员的住处西京招待所。经一阵激战，国民党嫡系部队7000余人全部缴械。西京招待所的中央文武大员卫立煌、陈诚、蒋鼎文、钱大钧等全部被扣留。其中邵元冲在逃窜时，被流弹射伤，流血过多而死。最狼狈的是陈诚上将，躲在秽物箱里也被搜出。
蒋介石被捉住后，张学良与杨虎城立即通电全国，提出了抗日救国的八项主张。当天，他们就发电报给陕北的中共中央，邀请中共派代表团来西安，共商处理“西安事变”和抗日救国大计。很快，中共中央就派出了以周恩来为首的中共代表团来到西安。
对于如何处置蒋介石，杨虎城与张学良的态度不同，两人发动西安事变的目的虽然都是逼蒋抗日，但张学良认为，目的一旦达到就可放蒋。而杨虎城的反蒋抗日态度比较坚决，不主张轻易放蒋。他认为，中共与蒋介石有长达十年的血海深仇，一旦捉住蒋介石，虽不至立即杀蒋，但也决不会轻易主张放蒋的。不料，中共方面却提出了和平解决西安事变的设想。这使杨虎城在思想上一时难以接受。
有一次，杨虎城与周恩来谈话，顾虑重重地说：“共产党和国民党是敌对的，地位上是平等的，对蒋可战可和，而我是蒋的部下，如果轻易放蒋，蒋一旦翻脸，我的处境就与共产党有所不同了。到那时，我就处于非常危险的境地。你说，我应该怎么办？”
周恩来对此表示理解，并作了耐心反复的解释：现在国际国内形势和舆论都迫使蒋介石转向抗日，蒋只有抗日才有出路，促使他改变政策、实现抗日的可能性是存在的。只要西北三方团结一致，进而团结全国人民，形成强大的力量，蒋纵有报复之心，也不可能实现。在周恩来的劝导下，再加上“共产党置党派历史深仇于不顾，以民族利益为重，对蒋介石以德抱怨”，终使他对和平解决事变的重大意义有了认识，他表示“愿意倾听和尊重中共方面的意见”。
被囚禁十二年，终遭蒋杀害
西安事变和平解决后，杨虎城被迫辞职。不久，他出国考察，游历了美、英、法、德等国。每到一处，他都宣传抗日救国的道理。
“七·七”事变爆发后，他曾三次要求回国抗日，但都遭到蒋介石的拒绝。1937年9月28日，他终于收到宋子文让他“自动回国”的电报。他非常高兴，立即整理行装回国。
此时在南昌的蒋介石并没有忘记他在西安被扣的一幕，当他得知杨虎城要启程返国的消息后，就立即密令军统局长戴笠来南昌，让他做好逮捕杨虎城的准备。1937年11月，杨虎城由法国先回到香港，然后又到达武汉。当时，蒋介石在南昌诈称要召见他，他在戴笠的陪同下就从汉口乘专机去了南昌，不料，他一下飞机就被软禁起来。当时，杨虎城的夫人谢葆真及儿子、随员等已返回西安，但蒋介石仍不放过，随后又设法将他们骗往南昌，一同囚禁。
南京沦陷后，杨虎城夫妇及随员等人被军统特务转移到长沙。武汉撤退时，他全家又被解往贵州息烽监狱。这个监狱，是一个可容四五百人的集中营，专门用作囚禁中共党员、进步人士和违犯军统纪律的军统特务分子。 1939年夏，戴笠到了息烽。他见监狱离公路太近，怕出问题，便命令特务们另找地方。后来发现离息烽县城十多里的高山顶上的玄天洞，便决定将杨迁到那里去囚禁。杨在玄天洞被关了8年。1946年，军统特务又将他转移到重庆渣滓洞的中美合作所杨家山。
1945年，在重庆谈判时，毛泽东曾提议应释放张学良、杨虎城，但被蒋介石否决。1949年，蒋介石“引退”后，代总统李宗仁曾下令释放张学良、杨虎城，但因蒋的阻挠又没有办成。
在关押期间，杨虎城的夫人谢葆真由于受到很大刺激，便渐渐精神失常，整天叫骂不停，特务们后来都不敢见她，终日把她关在房内不让她出来。这样，她的身体就越来越坏。到了1947年，她带着满腔愤恨，离开了人世。
1949年9月，军统特务周养浩来到贵阳，对杨虎城（此时杨虎城已被转移到贵阳）说蒋介石要在重庆见他，要把他送往台湾，杨虎城信以为真。9月17日，杨虎城等人乘车重返重庆中美合作所。当晚11时许，杨虎城和二儿子杨拯中及秘书宋绮云等人到达重庆歌乐山半山坡上的戴公祠。特务张鹄引他们进入房内，杨虎城走在最前面，杨拯中双手捧着母亲的骨灰盒跟在后面。当杨拯中正要进入卧室时，特务杨进兴突然从杨拯中的身后下手，匕首刺进杨拯中的腰间，杨拯中惨叫一声，倒地身亡。杨虎城刚一回头，还未弄清楚是怎么回事，就被特务们用匕首刺入腹部，他挣扎反抗，力尽而死。
杨虎城的副官阎继明，警卫员张醒民，秘书宋绮云夫妇及孩子宋振中（小萝卜头）等人也一同被害。杨虎城年仅九岁的小女儿杨拯国也未能逃过这一劫难。一时血流满阶，惨不忍睹。杀完人，特务们又把杨虎城的尸体掩埋在花园的一座花坛里。
1949年11月30日重庆解放，解放军第二野战军领导当天就调查杨虎城的下落，第二天发现了他的遗体。12月16日，中共中央向杨虎城的家属发来唁电：“杨虎城将军在1936年与中国共产党合作，推动全国一致抗日，有功于国家民族。”“杨将军的英名，将为全国人民所永远纪念。”
1950年1月15日，重庆市政府举行隆重的追悼会，刘伯承、邓小平等党政负责人及民主党派、人民团体、文教界、新闻界代表共1000余人参加了追悼会。同年，将杨虎城迁葬于西安城南长安县韦曲镇的“杨虎城将军烈士陵园”。