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针对船舶结构流固耦合动力学问题,提出将主船体与船内子结构分离,采用聚缩阻抗矩阵综合法获取子结构的聚缩动刚度矩阵,采用声介质中三维结构水弹性方法计及主船体与水介质的流固耦合作用。在此基础上,通过边界协调条件,完成主船体与子结构的集成。该方法提供接口的作用,使得研究成果具有更好的继承性。最后通过一数值算例和一水下结构振动试验,部分验证了方法的正确性和高效性。