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利用2011年夏初(5月30日至6月3日)的低温天气,对粳稻Nipponbare、籼稻Kasalath及其杂交后回交衍生的98个BC2F5回交重组自交系群体进行苗期自然低温处理。通过分析其对应的包含245个分子标记的连锁图谱与苗期抗冷能力的关系.共检测到控制苗期抗冷的2个主效QTL和1个微效QTL,主效QTL分别是位于第1染色体上的qCTSl和位于第3染色体上的qCTS3;微效QTL是位于第8染色体上的qCTS8。其中,两个主效QTL的抗冷等位基因来自于粳型亲本日本晴,而微效QTL的抗冷等位基因来自于籼型