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根据光纤陀螺测斜仪数字通信信道的特点，提出了将Bayes规则应用于误码率（BER）估计的算法。在基于Bayes规则误码率后验统计模型的基础上，推导了误码率的单侧置信区间估计与双侧置信区间估计表达式。仿真结果表明：在EI-LOG成套测井仪器常规通信速率（300Kbit／s）下，当选取置信度为95％时，使用该算法仅需51S的时间即可得出FOG测斜仪通信误码率。该算法易于硬件实现，能够实时、快速的估计出信道误码率，满足光纤陀螺测斜仪的实际工程需求。