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高等教育财政拨款的公平是实现高等教育公平的基础和重要前提。高等教育政府拨款模式可以从拨款方式、拨款依据和拨款形式等不同角度进行分类比较。从高等教育资源配置公平的视角来看：我国原有的“综合定额＋专项补助”模式导致了高校内部各利益主体之间、中央高校与地方高校之间、地方高校与地方之间的财政拨款种种不公平问题；而现有的“综合＋项目预算”的模式也没有能够很好地解决上述问题。为了使高等教育公平在高等教育资源配置阶段的努力最大化，在我国应当实施“层次定额＋绩效发展”新的高等教育财政拨款模式。