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红花莼菜生殖器官的外部形态和内部的解剖结构研究结果表明:两性花,花被片6枚;雄蕊17-27枚,没有腺毛;心皮6-11枚,离生单雌蕊,上位子房,其主头、花柱、子房密生腺毛;边缘胎座胎座柱状,与珠柄垂直接合,接合处关节明显,直垂式弯生胚珠1-3枚。通过对红花莼菜生殖器官形态和解剖结构的分析,支持莼菜属从睡莲科划分出来,设置莼菜科的观点。