广西地区人类免疫缺陷病毒-1流行毒株gag基因系统进化和基因变异特征分析

来源 :中华传染病杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tangguorong
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目的:了解广西壮族自治区 HIV‐1流行毒株 gag基因分子进化及遗传变异特征。方法收集2011年10月至2012年3月广西地区 HIV‐1感染者血液样本158份,采用反转录/套式PCR对HIV‐1 gag基因片段进行扩增并测序。运用M EGA 5.03构建系统进化树,并计算 gag区及各编码区段的基因离散率和选择压力(globle ω)。两样本基因离散率的比较采用两独立样本 t检验,多个样本的基因离散率比较采用单因素方差分析。结果158份样本中获得140条 gag基因序列,存在4种亚型:CRF_01AE 80份(57.1%),CRF08_BC 46份(32.9%),CRF07_BC 10份(7.1%),B (B′)4份(2.9%)。gag基因离散率在 CRF_01AE 亚型为0.036±0.001,CRF08_BC 亚型为0.031±0.002, CRF07_BC亚型为0.043±0.003,B (B′)亚型为0.102±0.006,差异有统计学意义( F=220.62,P<0.01)。p17和 p24编码区均受到负向选择压力作用,globle ω<1。各亚型 p17编码区的globle ω值相近,差异无统计学意义( F=0.761,P=0.469),p24编码区的 g lo ble ω值差异也无统计学意义( F=0.037,P=0.964)。结论广西地区 HIV‐1亚型以CRF_01AE为主,gag基因各编码区段在进化上相对保守,但HIV‐1流行特征的变化可能会影响 gag基因的遗传变异,应继续追踪检测。
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