【摘 要】
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旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号，以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片，对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测；计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率，分析保种群体的遗传多样性；利用Plink软件构建状态同源（identity by
【基金项目】
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国家重点研发计划项目（2021YFD1200303）； 重庆市自然科学基金面上项目（cstc2021jcyj-msxmX0800）；
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旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号，以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片，对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测；计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率，分析保种群体的遗传多样性；利用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），Gamatrix（V2）软件构建基因组关系G矩阵，分析合川黑猪保种群的亲缘关系；利用Mega X（V10.0）软件进行群体聚类分析，研究合川黑猪保种群的家系结构；运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域，挖掘潜在的候选基因。结果表明，合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、1.38、0.141、0.534，说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富；群体的平均期望杂合度为0.255，平均观测杂合度为0.271，观测杂合度稍高于期望杂合度，说明该保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.199 2± 0.042 9，其中公猪的为0.176 7±0.048 4，IBS遗传距离和基于G矩阵的亲缘关系分析结果均表明，部分个体之间呈现较近的亲缘关系；合川黑猪保种群体内共发现2 246个ROH片段，长度在1～10 Mb之间的ROH数量占比最多，为79.12%，含40～50个ROH的个体数量占比最多，为48.28%，群体平均近交系数为0.175；现有合川黑猪群体包含7个含公猪的家系和1个不含公猪的家系，各家系个体的差异较大；利用Tajima’s D方法检测到显著选择信号区域192个，涉及193个候选基因，iHS方法检测到显著选择信号区域303个，涉及331个候选基因。两种方法同时检测到的候选基因有5个，其中HVCN1与精子的活力和低温耐受相关，TRAF3IP1和PER2与机体免疫功能相关。综上所述，合川黑猪保种群体遗传多样性较丰富，但部分个体间存在较大的近交风险，各家系中个体数量的差异明显，个别家系内公猪个体数量少，存在血统流失风险。此外，在适应性进化过程中，合川黑猪繁殖和免疫性状相关的基因受到了一定程度的选择作用。
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