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GP41蛋白二级结构预测显示,前1/2片段的N端(4~26位氨基酸)和C端(167~189位氨基酸)各有一个富含疏水氨基酸的穿膜螺旋(可能性>0.9),分别从N1(前1/2片段无C端穿膜螺旋)的N端和N6(前1/2片段无N端穿膜螺旋)的C端进行缺失构建一系列缺失突变体,只有pET—N2,pET—N3,pET—N4,pET—N5在大肠杆菌中获得高效表达,其表达量占菌体总蛋白的20%,Western blot显示表达蛋白与HIV阳性血清有良好的反应性.而pET—N1,pET—N6在大肠杆菌中表达量很低或