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乙型肝炎病毒(HBV)感染是造血干细胞移植患者面临的一个重要危险。移植后乙肝表面抗原携带者(HBsAg)尤其具有病毒再次激活的潜在风险。在移植后也可以因为输入血制品导致乙肝急性感染。在免疫抑制治疗后因为导致肝细胞损伤的宿主细胞免疫反应被抑制,大多数感染乙肝的移植患者只有转氨酶的轻度升高。然而,在这个过程中肝脏的病毒负荷在逐渐增加,在免疫重建的时候就会出现严重的肝炎。感染乙肝的移植患者大约有12%发生暴发性肝功能衰竭,甚至死亡。异基因移植的患者比自体移植的患者更容易发生,可能是因为免疫缺陷时间更长以及使用免