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随着我国新型农村合作医疗制度的逐步完善以及农民观念的转变，农村合作医疗机构的业务量已大幅增加。该文通过对新型农村合作医疗的现状分析，在JavaEE技术平台基础上使用B/S模式进行开发，利用Struts， Spring和Hibernate经典组合实现系统主体的四层架构，并结合MS SQL Server数据库和Webservice远程调用技术实现了新农合系统的信息化管理和医院系统的数据共享。建立起一个符合国家标准、具备先进工作流程、能够有效管理信息的县级新型农村合作医疗信息系统。