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目前农村环境保护的主要问题包括生活污染防治、畜禽水产养殖、沼气等新能源的应用、秸秆的应用．这些农村污染问题与水环境进行区域配置时就呈现出环境质量的敏感性、治理的紧迫性。农村环境污染治理可以采用管理、技术和工程手段．通过行政、经济、社会、技术和科技政策去支持．但受到自然、流域经济区域差异、环境权空间配置、跨界利益调整、生态补偿方式以及政府或市场手段等影响．治理的复杂性加大。