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选取4个具有不同遗传背景的紫花苜蓿（Medicago sativaL.）国内外推广品种为材料,通过人工接种试验每个品种筛选苜蓿褐斑病高抗、高感单株各10株,运用ISSR,AFLP和SRAP分子标记技术对标记适用性进行验证,以期筛选准确性高的分子标记,提高试验的重复性和稳定性。结果表明：4个品种的总体病情指数和抗病性成反比,抗病性大小依次为：赛迪〉新疆大叶〉中苜一号〉龙牧801;且筛选到的高抗、高感单株的抗病性与4个品种的总体抗病性基本相符;适用性高的标记有感病标记ISSR22S450、抗病标记SRAPM3