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不育系育性转换起点温度的高低、不育系育性转换起点温度的漂移、制种基地的选择和制种季节的安排不适宜、制种母本迟发高位分蘖穗自交结实等，是引起两系杂交水稻种子不纯的主要原因。用不育系原种制种，选择适宜的制种基地，安排安全的不育系育性敏感期，对母本定向栽培，严格制种田的纯度检测和种子纯度的种植鉴定等，是保障两系杂交水稻种子纯度的有效措施。