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自身免疫性疾病,特别是器官特异性自身免疫性疾病的病因可以理解为来自靶细胞的末梢(胸腺外)自身耐受性诱导机制缺陷。若器官细胞中存在上述缺陷,则该器宫不断产生自身免疫应答,进而发生特异性自身免疫性疾病.这种末梢自身耐受性机制缺陷可被认为是自身抗原、主要细胞相容性复合体二级抗原(MHC、classⅡAntigen)或以上两者的复合体、T细胞受体以及抑制性回路异常所致。事实是;具有MHC二级抗原的人容易发生自身免疫性疾病,据报道称:一部分自身免疫性疾病的发生是由于T细胞受体遗传因子异常所致。可是,仅仅由于遗传因子