[目的]本文旨在研究不同有机肥替代部分化肥对稻麦轮作系统产量及其构成因素、土壤微生物区系的影响,为找到合适的施肥措施来提高作物产量,培育高产土壤微生物区系提供理论依据。[方法]以江苏省金坛市的长期肥料试验点为研究对象,设置6个施肥处理:不施肥（CK）,常规氮、磷、钾化肥（NPK）,3 000 kg·hm^-2猪粪有机肥替代30%常规化肥施用量（NPKM1）,6 000 kg·hm^-2猪粪有机肥替代50%常规化肥施用量（NPKM2）,1 800 kg·hm^-2猪粪有机无机复合肥替代50%常规化肥施用量（NPKMOI1）,3 600 kg·hm^-2猪粪有机无机复合肥替代70%常规化肥施用量（NPKMOI2）。测定水稻、小麦的有效穗数、每穗粒数、千粒质量、理论产量和实际产量;并利用氯仿熏蒸-硫酸钾浸提法和高通量测序测定土壤微生物生物量及微生物群落结构。[结果]与NPK处理相比,猪粪有机肥（NPKM1、NPKM2）和猪粪有机无机复合肥（NPKMOI1、NPKMOI2）替代部分化肥对水稻和小麦的产量构成因素、理论产量和实际产量无显著降低,且均能提高土壤微生物生物量碳、氮。NPKMOI1和NPKMOI2处理能够增加土壤细菌丰富度、多样性和均匀度指数,显著改变土壤细菌区系,且这种改变随着化肥替代量的增加而变大。[结论]3 600 kg·hm^-2猪粪有机无机复合肥替代70%常规化肥施用量处理能够提高作物产量,是一种具有培育高产土壤微生物区系潜力的施肥措施。