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由于染色体加倍过程中的加倍因素和非加倍因素的影响，同源四倍体的DNA遗传结构较其起源二倍体产生了变异，进而导致其表现型发生相应的变异。和其起源二倍体相比，同源四倍体的表现型变异表现在以下几个方面：雌雄配子育性降低；花粉（2n）的体积明显增大；部分胚囊内卵细胞、助细胞及反足细胞数目有所增减；自交繁殖过程中，花粉的萌发及生长速度较慢、花粉管的形态部分畸形、部分极核受精过程及受精细胞（与精核结合的极核或卵）的进一步发育状况异常：大多数育性或结实率会有不同程度的降低，但降低的程度有因自交繁殖世代的推移而逐渐减小的