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针对区域协同创新能力研究系统性不强、缺乏有效定量测度等问题，以复杂系统理论、耗散结构理论为基础，以系统有序和无序为视角，提出基于协调度一管理熵的区域协同创新测度方法。两种方法分别以复杂系统的内部子系统为研究单元，通过对子系统有序度的定量化研究来测度系统整体协同度。研究发现，北京、江苏、上海等地区协同创新能力较强，系统协调度较高，而河北、河南、湖南等地区协调度较低。两种模型测度结果较好地反映了各省市协同创新能力的实际水平，表明模型测度科学有效。