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针对当前我国高校二级学院科研经费绩效管理与评价体系运行中存在的一些问题和不足,建立科学合理的科研经费绩效管理与评价机制,必须:第一,坚持"面向一线、服务科研"的导向,实施阳光评价工程;第二,建立立体式的监督体系,构建长效化评价机制;第三,切实把牢二级学院科研经费绩效管理与评价的成本核算关,完善高校二级学院科研经费绩效管理奖励制度和科研成果评价体系。