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《分子植物育种》已成为植物科学领域的一份重要期刊,每年刊登植物学、遗传学、育种学、生物技术及生化与分子生物学类的大量研究报告和研究综述,是植物科学领域异军突起的新型期刊。根据2012版《中国学术期刊综合引证报告》发布评价数据,《分子植物育种》2011年影响因子1.401,在环境与生命类别中植物类期刊中影响因子排名第四。